Rarement un penseur de l'Antiquité aura été, dans l'histoire, aussi encensé puis autant décrié ou ignoré qu'Aristote.
De formation scientifique, je n'ai aucun souvenir d'un enseignement sur la pensée d'Aristote en cours de philosophie de terminale scientifique. Un jour, lorsque j'étais adolescent, mon père m'a conseillé de lire un livre sur l'histoire des sciences dont j'ai arrêté la lecture lorsque l'auteur s'est mis à critiquer Aristote systématiquement. Plus tard, entré à Polytechnique, j'ai découvert dans la maison de campagne de mon père un manuel de philosophie qui critiquait de la même manière la pensée d'Aristote.
D'où vient ce parti pris ? La pensée d'Aristote, qui était une référence dans les universités d'Occident dès leur naissance aux XIIe et XIIIe siècles, a été réconciliée avec le christianisme par des théologiens tels que saint Thomas d'Aquin, ce qui a donné naissance à la scolastique, enseignée dans les universités de ce que nous appelons aujourd'hui l'Europe..Or, dès la fin du Moyen Âge, certains savants avaient décelé des erreurs dans les traités scientifiques d'Aristote concernant l'étude des phénomènes naturels. Roger Bacon (vers 1220-vers 1292), par exemple, fut le premier à remettre en cause les enseignements d'Aristote en matière scientifique, observations à l'appui, mais cela ne l'empêcha pas d'intégrer la pensée d'Aristote sur un plan purement philosophique. Galilée (1564-1642) fut le premier à découvrir, par des observations avec sa lunette astronomique, qu'il y avait des montagnes sur la Lune, ce qui contredisait la théorie des sphères parfaites décrite par Aristote dans son traité du ciel. C'est toute la représentation physique du monde, avec la séparation entre monde sublunaire et monde supralunaire, la Terre étant au centre de l'univers, et le soleil, la lune et les étoiles tournant autour (géocentrisme), qui était remise en cause. Ce fut le début de la controverse ptoléméo-copernicienne, les tenants du géocentrisme s'appuyant sur les écrits du géographe et astronome grec Ptolémée, et les tenants de l'héliocentrisme se fondant de leur côte sur la découverte de Copernic reprise par Galilée. D'autres erreurs scientifiques d'Aristote portaient sur la théorie du mouvement et la chute des corps. Comme on l'a souvent fait remarquer, l'Inquisition a, injustement, condamné Galilée à une assignation à résidence (1633), considérant que ses affirmations sur le mouvement de la Terre étaitent en contradiction avec la Bible.
Descartes (1596-1650), qui était à l'origine un scientifique, prit parti pour Galilée et l'héliocentrisme, sans le dire explicitement, car il craignait d'être déclaré hérétique par l'Inquisition. Il critiqua dans le livre VI du discours de la méthode la scolastique ("au lieu de cette philosophie spéculative qu'on enseigne dans les écoles...") puis proposa une philosophie radicalement différente avec une métaphyqiue centrée sur le sujet (le fameux "cogito ergo sum"). Certains penseurs des Lumières (Condorcet...), puis au XIXe siècle des philosophes tels que Saint-Simon et Auguste Comte, développèrent des philosophies rationalistes en fasant référence à Roger Bacon, et surtout à Descartes, ignorant la métaphysique d'Aristote, et oubliant les références aux philosophes de l'Antiquité. De ce point de vue, on pourrait considérer que c'était une "antirenaissance".
On peut considérer que Galilée et Descartes sont les pères de ce que l'on appelle couramment aujourd'hui la science moderne. Celle-ci apparaît dans le courant du XVIIe siècle. Si l'on a beaucoup insisté sur la cruauté de l'Inquisition, on a par la suite omis de souligner que l'Eglise catholique, avec le pape Benoît XIV a, pendant les "Lumières", définitivement accepté les écrits de Galilée.et les ouvrages sur l'héliocentrisme (1741 - 1757).
Avec la Révolution française, qui supprima les universités en 1793, la scolasrique disparaît complètement des universités françaises. Dès lors, les philosophes furent souvent imprégnés du mécanisme cartésien, et critiquèrent systématiquement Aristote sous prétexte que ses écrits scientifiques comportaient des erreurs. Il n'en reste pas moins que la philosophie et la science ont mené des chemins divergents.